Por mais cómodas que sejam em termos de construção e de custos, as casas pré-fabricadas também apresentam algumas desvantagens.

Entre as principais desvantagens das casas pré-fabricadas encontram-se os problemas relacionados com a junção das secções, ao contrário das casas de uma só secção, que tendem a ter problemas com pisos, telhados, janelas e portas.

Em parte, os problemas e desvantagens das casas pré-fabricadas devem-se ao facto de que se trata de uma casa construída dentro de uma fábrica e depois transportada para outro local por camião, em posição horizontal. Esta deslocação poderá ter um efeito negativo nas articulações e conexões das secções da casa. No entanto, os fabricantes de casas de casas pré-fabricadas de qualidade fazem o seu melhor para corrigir eventuais problemas que possam surgir durante o transporte.

Apesar das desvantagens das casas pré-fabricadas, hoje em dia até pode ser quase impossível alguém reparar na diferença entre uma casa pré-fabricada e uma casa de construção tradicional no local, a não ser que a veja a ser a ser construída, obviamente. A principal e mais comum diferença é que as casas pré-fabricadas tendem a ter uma inclinação menor do telhado, visto a casa ter de ser transportada sob as pontes das estradas.

Algumas desvantagens das casas pré-fabricadas traduzem-se em questões volumétricas, pois o transporte das secções modulares concluídas ocupam, de facto, muito espaço. Em todo o caso, esta questão é equilibrada com a velocidade de construção, uma vez que os painéis chegam ao local de construção da futura casa rapidamente.

A questão da flexibilidade também se manifesta no capítulo das desvantagens das casas pré-fabricadas, pois devido ao transporte e, por vezes, às restrições de fabricação, o tamanho de um módulo pode ser limitado, o que virá afetar, os tamanhos ou áreas dos quartos, por exemplo.

As desvantagens das casas pré-fabricadas podem ainda estender-se à estética, pois são unidades pré-fabricadas idênticas que depois são unidas em conjunto. Assim , Poderão ser vistas como menos agradáveis esteticamente do que uma casa tradicional, que é construída individualmente no local.

Muitos bancos fazem uma distinção entre as casas de construção típica e as casas pré-fabricadas quando chega a altura de avaliarem a viabilidade de uma hipoteca. Assim, antes de adquirir uma casa pré-fabricada, deverá consultar o seu banco para saber se a hipoteca vai ou não ser concedida. Se não for, você poderá obter financiamento de outros bancos ou de um corretor de hipotecas. Muitas vezes, os credores não querem dar hipotecas de casas pré-fabricadas porque as vêem como um risco maior, por ainda se pensar que desvalorizam ao longo do tempo.

As desvantagens das casas pré-fabricadas notam-se especialmente quando as empresas fazem a construção de painéis apenas tendo em conta o lucro, não utilizando materiais de qualidade e de custos elevados. Por isso, deverá fazer alguma pesquisa sobre a empresa que pensa escolher e materiais que utiliza.